W okresie przedrozbiorowym Kościół prawosławny w Rzeczypospolitej liczył kilkaset tysięcy wyznawców. Zamieszkiwali oni wschodnie obszary kraju, głównie województwa: mścisławskie, witebskie, nowogrodzkie, wołyńskie, brzeskie, okolice Słucka i Pińska oraz Ukrainę południowo – wschodnią (województwo kijowskie i bracławskie). W kraju istniała jedna diecezja prawosławna – białoruska, z siedzibą w Mohylowie. Miejscowości nie objęte władzą tej diecezji zależały do ośrodków położonych poza granicami Rzeczypospolitej: prawosławnej metropolii kijowskiej i biskupstwa perejesławskiego. Kiedy po pierwszym rozbiorze Rosja zajęła tereny, na których znajdował się Mohylów i około 130 parafii prawosławnych, prawosławie w Polsce pozostało bez biskupa, a jego główny ośrodek przesunął się na Podlasie i Polesie (okolice Słucka i Pińska).

Ludność prawosławna była upośledzona pod względem prawnym i wyznaniowym. Sytuację prawosławia na ziemiach polskich zmienić miała ustawa reorganizacyjna Sejmu Czteroletniego (2 IV 1792 r.), czyli tzw. „Urządzenie o stałej hierarchii cerkiewnej obrządku greko - orientalnego nie unickiego w państwach Rzeczypospolitej Polskiej”, która zakładała utworzenie archidiecezji, trzech diecezji prawosławnych oraz synodu narodowego i konsystorzy. Reformatorskie dzieło sejmu przekreśliły rozbiory. Zdecydowana większość ludności prawosławnej, zamieszkałej na terytorium Polski, znalazła się w granicach cesarstwa rosyjskiego, a parafie podporządkowane zostały rosyjskiej hierarchii cerkiewnej.

Na terenach tzw. „ziem zabranych” nasiliły się dążenia do likwidacji kościoła greckokatolickiego. Założone w 1828 r. Kolegium Duchowne greckounickie już w 1837 r. zostało wyłączone spod kompetencji ministra spraw wewnętrznych i uzależnione od oberprokuratora Synodu prawosławnego. W lutym 1838 r. na synodzie w Połocku biskupi greckokatoliccy – zwolennicy zjednoczenia oraz inni przedstawiciele duchowieństwa podjęli decyzję o przystąpieniu do prawosławia. W marcu 1839 r. cesarz Mikołaj I po porozumieniu się z władzami Cerkwi prawosławnej wyraził na to zgodę. W następnych tygodniach przystąpiono do stopniowej likwidacji parafii greckokatolickich; wszelkie przejawy oporu tłumiono siłą. Po akcie zjednoczenia dotychczasowe diecezje unickie otrzymały nowe granice, a Kolegium Duchowne przemianowano na Prawosławne Kolegium Białoruskie.

Po zakończeniu I wojny światowej i ustaleniu wschodnich granic odrodzonego państwa polskiego (traktat ryski z 18 III 1921 r. i przyłączenie Wileńszczyzny w lutym 1923 r.), na terytorium Rzeczypospolitej znalazły się ponad 3 miliony ludności prawosławnej, rozmieszczonej w województwach: białostockim, poleskim, lubelskim, wołyńskim, nowogródzkim i wileńskim. Świeccy wyznawcy prawosławia byli w ogromnej większości Białorusinami i Ukraińcami; wśród duchowieństwa znaczną liczbę stanowili natomiast Rosjanie (Rosjanami byli wszyscy biskupi prawosławni).

Rząd polski w myśl prowadzonej polityki wyznaniowej stanął na stanowisku dostosowania do obecnych granic państwowych terytorialnej organizacji Cerkwi, która była nadal częścią państwowej cerkwi rosyjskiej związanej z rosyjskim systemem polityczno – prawnym. Zaproponowana hierarchii prawosławnej przez rząd polski sprawa autokefalii i łącząca się z tym reorganizacja prawosławnych diecezji w państwie polskim, spotkała się z zaciętym oporem niektórych biskupów i przeciwdziałaniem moskiewskiego patriarchy Tichona.

30 I 1922 r. minister wyznań religijnych i oświecenia publicznego ogłosił „Tymczasowe rozporządzenie o stosunku Rządu do Kościoła Prawosławnego w Polsce”, oparte na wyznaniowych artykułach konstytucji z 1921 r. Na ziemiach polskich zorganizowano pięć diecezji: warszawsko – chełmską, grodzieńską, poleską, wileńską i wołyńską, z określoną, w każdej z nich, liczbą parafii i podzielonych terytorialnie na dekanaty. Na czele Kościoła prawosławnego stał metropolita, który przewodził soborowi biskupów polskich diecezji prawosławnych.

14 VI 1922 r. sobór biskupów prawosławnych uchwalił autokefalię, czyli niezawisłość polskiej Cerkwi, wbrew zakazowi dotychczasowego formalnego jej zwierzchnika, patriarchy Nikona oraz jego zastępcy Sergiusza. Pierwszy uznał polską autokefalię patriarcha rumuński. Ważnym wydarzeniem było uznanie (thomos) autokefalii – 13 XI 1924 r. - przez patriarchę ekumenicznego w Konstantynopolu Grzegorza VII (cieszył się on ogromną powagą w całym prawosławiu) oraz synod patriarszy. 17 IX 1925 r. ogłoszono oficjalnie autokefalię w soborze św. Marii Magdaleny (metropolitalnym) w Warszawie. Cerkiew prawosławna w Polsce przyjęła nazwę: Polski Autokefaliczny Święty Kościół Prawosławny (statut uchwalono 13 IV, 5 VI i 1 XII 1925 r.).

Naczelną władzą w Cerkwi był sobór biskupów z metropolitą warszawskim na czele.

W 1929 r. wschodnie eparchie polskie liczyły:

a. poleska: 26 dekanatów i 320 parafii

b. wileńska: 17 dekanatów i 163 parafie

c. wołyńska: 56 dekanatów i 680 parafii

Taka organizacja kościoła prawosławnego utrzymała się aż do wybuchu II wojny światowej. W wyniku agresji wojsk sowieckich na wschodnie tereny Rzeczypospolitej, zajęte zostały także istniejące w ich obrębie diecezje prawosławne. Po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej – 22 VI 1941 r. tereny te przeszły pod okupację niemiecką. Jednocześnie nasilił się ruch nacjonalistyczny. 30 VI 1941 r. w porozumieniu z metropolitą lwowskim obrządku unickiego Andrzejem Romanem Szeptyckim proklamowana została „niepodległość” Ukrainy. Jednocześnie wprowadzono niezależną od patriarchatu moskiewskiego Autokefaliczną Ukraińską Cerkiew Prawosławną, której metropolitą został arcybiskup łucki Polikarp Sikorski. Utworzono wówczas eparchię krakowsko-łemkowską, podzieloną na dekanaty. W 1944 r. Ukraina została zajęta przez wojska sowieckie.