C. K. Ministerstwo Sprawiedliwości zostało utworzone na podstawie najwyższego postanowienia o powołaniu Rady Ministrów, w miejsce Najwyższej Izby Sprawiedliwości. W 1860 r. wraz z C. K. Ministerstwem Wyznań i Oświaty oraz C. K. Ministerstwem Spraw Wewnętrznych weszło ono w skład Ministerstwa Stanu (Staatsministerium). W 1867 r., kiedy zlikwidowano Ministerstwo Stanu, Ministerstwo Sprawiedliwości, podobnie jak inne ministerstwa, odzyskało samodzielność. Odtąd, jako C. K. Ministerstwo, sprawowało ono nadzór nad wymiarem sprawiedliwości w przedlitawskiej części monarchii.

Organizacja C. K. Ministerstwa Sprawiedliwości została uregulowana najwyższym postanowieniem z 16 XI 1850 r., a zakres działania – najwyższym postanowieniem z 12 IV 1852 r.

Na mocy wymienionych aktów prawnych Ministerstwu podlegały sądy i prokuratury. Ministerstwo miało prawo bezpośredniego nadzoru nad sądami krajowymi wyższymi, urzędami starszych prokuratorów państwa i Prokuratorią Generalną. Ministerstwo stosowało również zwierzchni nadzór nad wymiarem sprawiedliwości przez sądy, nad jednolitością i poprawnością orzeczeń sądowych. W 1865 r. Ministerstwo przejęło od Ministerstwa Spraw Wewnętrznych sprawy więziennictwa, a w 1869 r. sprawy prowadzenia Dziennika Praw (Reichgesetzblatt) przeszły z Ministerstwa Sprawiedliwości do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych. Ministerstwo Sprawiedliwości dzieliło się, na podstawie najwyższego postanowienia z 16 XI 1850 r., na Prezydium i trzy sekcje – Administracyjną, Legislacyjną i Organizacyjną. Do zadań Sekcji Administracyjnej należało czuwanie nad sądami, prokuratorami i notariatem, utrzymywanie kontaktów z innymi urzędami krajowymi i zagranicznymi. Sekcja Legislacyjna miała oceniać wszystkie projekty ustaw powstałe w Ministerstwie i w innych ministerstwach. Pozostałe sprawy należały do kompetencji Sekcji Organizacyjnej. Sprawowała ona pieczę nad więzieniami śledczymi, nadzorowała nominacje adwokatów i notariuszy, troszczyła się o zaspokajanie materialnych potrzeb sądownictwa, kierowała redakcją Dziennika Praw. Prezydium koordynowało działalność wszystkich sekcji. Ministerstwo Sprawiedliwości uczestniczyło także w zarządzie zbiorowego mienia sierocego. Miało ono prawo występować do cesarza o ułaskawienie osób skazanych na karę śmierci.

Organizacja pracy Kancelarii Ministerstwa Sprawiedliwości była następująca: pismo wpływające do kancelarii było rejestrowane w dzienniku podawczym. Rejestracja obejmowała numer pisma, nazwę urzędu, z którego wpłynęło, krótki regest pisma oraz datę wpływu i – ewentualnie – również informację o załącznikach. Następnie pismo kierowano do registratury dla dołączenia poprzednich akt dotyczących danej sprawy (priorowania). Po dołączeniu priorów (Vorakten) Prezydium Ministerstwa kierowało pismo do właściwego referenta. Niektóre sprawy były załatwiane nie przez referenta, lecz innymi drogami: 1) przez obieg, 2) w wyniku narady, 3) przez samego ministra, 4) przez cesarza. Po przygotowaniu projektu odpowiedzi uzyskiwała ona aprobatę szefa sekcji, dodawano załączniki i priora. Następnie sporządzano czystopis do ekspedycji (od ok. 1900 r. używano maszyny do pisania), opatrywano go datą dzienną aprobaty i numerem dziennika podawczego. Czystopis był kolacjonowany przez dwóch urzędników; ich nazwiska, podobnie jak i osoby przygotowującej czystopis, umieszczano na arkuszu referatowym. Już w pierwszych latach działalności Ministerstwa powstał plan registratury, którego twórcą był Franz Karol Stourch – w latach 1848-1867 organizator, a następnie dyrektor registratury.

30 VI 1863 r. ustalono zasady selekcji dokumentacji Ministerstwa (znowelizowane w 1879 i 1897). Przewidywano trwałe przechowywanie tylko sprawozdań, kodeksów, akt dotyczących organizacji sądów, spraw personalnych, fideikomisów (dziedziczenie majątku z zastrzeżeniem zakazu alienacji przez spadkobiercę), lenn, fundacji, adopcji oraz spraw cywilnych i karnych mających konsekwencje międzynarodowe. Pozostałe akta miały być brakowane po pięciu latach przechowywania. W 1879 r. ustalono okresy przechowywania na dwa, pięć lub dziesięć lat, zależnie od znaczenia sprawy.

Tak rozległe kompetencje wykonywał niezbyt liczny personel: jeden minister, trzech szefów sekcji, dziesięciu radców ministerialnych, czterech radców sekcyjnych, trzech delegowanych do zajęć służbowych. W redakcji Dziennika Praw pracowało osiemnaście osób, a ponadto było jeszcze dwudziestu ośmiu pracowników pomocniczych i dwadzieścia siedem osób niższego personelu.