Reformy administracji rosyjskiej w latach 50. XIX w. objęły także Zarząd Wojenno-Policyjny w Królestwie Polskim. W marcu 1856 r. cesarz wstrzymał nominacje na stanowiska naczelników wojennych, zapowiadając zniesienie tych urzędów. 11 VI 1858 r. Rada Administracyjna została poinformowana o odezwie ministra wojny z 19 IV 1858 r., zawierającej rozkaz cesarski, który likwidował urzędy naczelników. Sprawy tajne zostały przekazane naczelnikowi III Okręgu Korpusu Żandarmów, policyjne – gubernatorom cywilnych i miejscowym komendom żandarmerii, sprawy „urlopowanych niższych stopni”, wsparć dla rodzin i sprawy „dzieci żołnierskich” – miejscowym władzom cywilnym, sprawy zaciągu wojskowego – wyznaczonym oficerom sztabowym, KRSW, rządom gubernialnym i komendantom miast. Ponieważ ze stanowiskami naczelników wojennych łączyły się w tym czasie również obowiązki komendantów miast gubernialnych, których urzędy zniesione zostały w 1842 r., dlatego dla pełnienia tych funkcji przywrócone zostały tymże rozkazem cesarskim urzędy komendantów w miastach gubernialnych: Lublinie, Radomiu, Płocku i Suwałkach.

Likwidacji uległy zarządy naczelników wojennych i ich pomocników w guberniach: radomskiej, warszawskiej, lubelskiej, płockiej i augustowskiej oraz urząd naczelnika wojennego okręgu kaliskiego. W ich miejsce powołano komendantów i zarządy komendanckie w: Lublinie, Radomiu, Płocku i Suwałkach, zaś w gub. warszawskiej obowiązki komendanta włożono na Sztab Warszawskiego Wojennego Generał-Gubernatora.

Urzędy naczelników wojennych w Królestwie Polskim zostały reaktywowane w 1861 r. w związku z rozwijającym się w kraju ruchem narodowym, z zamiarem spacyfikowania tego ruchu. Głównodowodzący I Armii, namiestnik ks. Michaił Gorczakow, powołał je w kwietniu 1861 r. na terenach, gdzie wrzenie polityczne było największe. Powstało wówczas siedem wyodrębnionych okręgów z zarządami wojenno - policyjnymi; nie wszędzie pokrywały się one z istniejącym podziałem administracyjnym kraju. Były to: okręg lubelski – obejmujący gub. lubelską; płocki – obejmujący gub. płocką i powiaty: włocławski i gostyniński z gub. warszawskiej; radomski – obejmujący gub. radomską z wyłączeniem m. Kielc i pow. kieleckiego; kielecki – obejmujący m. Kielce i pow. kielecki; okręg kolei wiedeńskiej z powiatami: łowickim, rawskim, piotrkowskim i Częstochową (koleje oddano ponadto pod specjalny nadzór żandarmerii); kaliski – obejmujący m. Kalisz oraz powiaty: kaliski, sieradzki, wieluński, koniński, łęczycki, włocławski, i gostyński. (dwa ostatnie powiaty wkrótce zostały przyłączone do okręgu płockiego, którego naczelnik wojenny był „pełniącym obowiązki” naczelnika wojennego gub. płockiej i części gub. warszawskiej; był to dawny okręg wojenny kaliski). Funkcje naczelników wojennych głównodowodzący powierzył generałom, z których jeden – gen. Leontyn hr. Opperman – był gubernatorem radomskim. Naczelnicy wojenni podlegali bezpośrednio władzy głównodowodzącego I Armii i namiestnika w jednej osobie. W celu zaprowadzenia spokoju w kraju podporządkowano im jednostki wojskowe wszelkich formacji stacjonujące na terenach podległych, miejscową żandarmerię i policję, a także pod względem politycznym i policyjnym władze administracji cywilnej. Naczelnikom wojennym przysługiwały prawa i obowiązki ich poprzedników sprzed 1858 r., nowelizowane w kolejnych instrukcjach; określały one dokładnie zakres czynności urzędów naczelników wojennych i metody, jakie powinni stosować do stłumienia ruchu narodowego Polaków.

Rozprzestrzeniający się na cały kraj ruch manifestacyjno-patriotyczny spowodował, że głównodowodzący I Armią, minister wojny Mikołaj Suchozanet rozkazem z 9 VII 1861 r. powołał naczelników wojennych również we wszystkich miastach i miasteczkach, gdzie stacjonowały załogi wojskowe. Funkcje te powierzył komendantom miejscowych garnizonów. Jednolity w swej strukturze zarząd wojenno-policyjny został wprowadzony w Królestwie Polskim po ogłoszeniu 14 X 1861 r. w kraju stanu wojennego. Na podstawie reskryptu p. o. Namiestnika hr. Karola Lamberta z 13 X 1861 r., zakomunikowanego Radzie Administracyjnej dwa dni później, Królestwo Polskie podzielone zostało na siedem okręgów wojennych, z których każdy powierzony został oddzielnemu naczelnikowi wojennemu, pozostającemu pod bezpośrednimi rozkazami p. o. Namiestnika i głównodowodzącego I Armią. Były to: okręg augustowski złożony z powiatów: mariampolskiego, kalwaryjskiego, sejneńskiego, augustowskiego i łomżyńskiego (pokrywał się z gub. augustowską); okręg płocki, obejmujący powiaty: ostrołęcki, pułtuski, przasnyski, mławski, płocki, lipnowski (pokrywał się także z gubernią); okręg lubelski także w granicach guberni, złożony z powiatów: siedleckiego, bialskiego, łukowskiego, radzyńskiego, lubelskiego, krasnystawskiego, hrubieszowskiego i zamojskiego; okręg radomski obejmujący powiaty: radomski, opoczyński, kielecki, opatowski, sandomierski, stopnicki, miechowski, olkuski - a więc również całą gubernię; z gub. warszawskiej utworzono trzy okręgi: kaliski z powiatami: konińskim, kaliskim, włocławskim, gostyńskim, łęczyckim, sieradzkim; okręg drogi żelaznej warszawsko – wiedeńskiej, złożony z powiatów: łowickiego, rawskiego, piotrkowskiego, wieluńskiego; okręg warszawski z powiatów: warszawskiego i stanisławowskiego. Okręg ostatni podporządkowano warszawskiemu generał-gubernatorowi wojennemu, który dodatkowo sprawował funkcję naczelnika wojennego tego okręgu. Po likwidacji tego urzędu w lipcu 1862 r. obowiązki naczelnika wojennego okręgu warszawskiego powierzone zostały dowódcy wojsk stacjonujących w Warszawie.

Zatwierdzony przez namiestnika 14 X 1861 r. tymczasowy etat zarządów naczelników wojennych okręgów przewidywał następujący skład osobowy każdego zarządu: naczelnik wojenny okręgu (w randze generała lub pułkownika), starszy adiunkt (w randze oficera sztabowego lub oberoficera), jego pomocnik, referent, tłumacz, dwóch urzędników starszych, dwóch młodszych, czterech pisarzy.

Dla usprawnienia akcji pacyfikacyjnej naczelnicy wojenni podzielili, zgodnie z wymienionym rozkazem głównodowodzącego z 14 X 1861 r., podległe im okręgi na mniejsze jednostki terytorialno-administracyjne, w których stacjonowały wojska. Pokrywały się one przeważnie z powiatami.

Na mocy tegoż rozkazu naczelnicy wojenni okręgów powoływali na swych terenach komisje wojenno-śledcze i wojenno-sądowe, do których należały sprawy wymiaru sprawiedliwości za przestępstwa określone przepisami stanu wojennego. Komisji takich tworzono nie więcej niż po dwie w okręgu (tj. po dwie śledcze i po dwie sądowe), w tym po jednej w mieście okręgowym.

Podstawowe obowiązki i prawa naczelników wojennych określone zostały w zarządzeniu głównodowodzącego I Armią i namiestnika o stanie wojennym z 14 X 1861 r. Zadaniem naczelników wojennych było utrzymanie ludności w całkowitej uległości wobec zarządzeń władz oraz stłumienie ówczesnego ruchu patriotyczno-narodowego. W tym celu podporządkowane im zostały, jak poprzednio, organa policyjne w miastach i we wsiach oraz powierzony nadzór nad miejscową administracją cywilną. Mieli oni prawo wprowadzać zarządzenia restrykcyjne, używać wszelkich środków policyjnych, a w razie oporu ze strony ludności – siły zbrojnej. Między innymi wolno im było zakazywać odbywania wszelkiego rodzaju zgromadzeń nawet w domach prywatnych, wyznaczać godziny otwarcia zakładów użyteczności publicznej: sklepów, kawiarń, szynków, itd., a nawet je zamykać, zarządzać rewizje i aresztowania osób podejrzanych, a cudzoziemców nie posiadających paszportów „bez stałego zajęcia”, lub notowanych w „nagannym prowadzeniu się” usuwać z kraju. Rozległą władzę naczelników wojennych rozszerzyły i dokładniej określiły instrukcje z 17 X 1861 r. i z 15 I 1862 r. Uprawniały one wszystkich naczelników wojennych do kwalifikowania „przestępstw” oraz kierowania ich do odpowiednich sądów: wojennych lub zwykłych karnych (w wypadkach wątpliwych powinni zasięgać zdania namiestnika), zaś naczelników wojennych okręgów również do aresztowania urzędników administracyjno – policyjnych za opieszałość. W II połowie 1862 r., w miarę przywracania porządku zewnętrznego i reorganizowania administracji kraju w ramach tzw. reform Aleksandra Wielopolskiego, zarządy naczelników wojennych zostały na niektórych terenach rozwiązane, lub ich zakres działania ograniczony wraz z zawieszeniu przepisów stanu wojennego.

Po wybuchu Powstania Styczniowego namiestnik i głównodowodzący przywrócił rozkazami do wojsk z 11 i 12 I 1863 r. stan wojenny i reaktywował zarządy naczelników wojennych. W tym celu podzielił Królestwo Polskie na dziewięć okręgów wojennych , które oddał pod zarząd generałów dowodzących miejscowymi jednostkami wojskowymi, prowadzącymi walki z powstańcami. Były to okręgi: płocki (obejmujący, sześć powiatów, tj. całą gubernię), lubelski (także całą gubernię), radomski (całą gubernię), kaliski (powiaty: kaliski, koniński, łęczycki, sieradzki, z gub. warszawskiej), warszawski (m. Warszawę i powiaty: warszawski, stanisławowski), augustowski (całą gubernię), Drogi Żelaznej Warszawsko-Wiedeńskiej) (powiaty: wieluński, piotrkowski, łowicki, rawski), Drogi Żelaznej Warszawsko-Bydgoskiej (powiaty: włocławski, gostyński), Drogi żelaznej Warszawsko- Petersburskiej (linia Warszawa-Łapy).

Naczelnicy wojenni, otrzymali odpowiednie instrukcje dotyczące tłumienia powstania środkami militarnymi, policyjnymi, administracyjnymi i sądowymi. Uprawniały one naczelników wojennych okręgów m. in. do powoływania komisji wojenno-sądowych (sądów polowych) i tworzenia mniejszych jednostek terytorialno-administracyjnych zwanych cząstkowymi lub drugorzędnymi oraz instalowania w nich naczelników wojennych podległych okręgowym. Tworzono je w zależności od rozwoju działań powstańczych. Wówczas naczelnicy wojenni w miastach gubernialnych i Kaliszu otrzymali nazwę naczelników wojennych głównych okręgów (nazwę okręg zastąpiono później nazwę oddział). W sierpniu 1863 r. gub. augustowską wyłączono pod względem zarządu wojenno-policyjnego z Królestwa Polskiego i poddano władzy generał-gubernatora wileńskiego gen. Michaiła Murawiewa. W 1864 r. wróciła ona do Królestwa, a na jej obszarze utworzono dwa oddziały wojenne. Naczelnicy wojenni wyposażeni zostali w bardzo szerokie pełnomocnictwa, stawiające ich ponad administracją cywilną (instrukcja namiestnika z 23 X 1863 r.). Walkę z powstańcami na swoich terenach prowadzili samodzielnie. Do końca grudnia 1863 r. zwierzchnia władze zarządów naczelników wojennych była Kancelaria Specjalna do Spraw Stanu Wojennego przy Namiestniku i Głównodowodzącym.

Po wprowadzeniu postanowieniem namiestnika z 15/27 XII 1863 r., w Królestwie Polskim, Zarządu Wojenno-Policyjnego z generał-policmajstrem na czele, naczelnicy wojenni zostali podporządkowani generał-policmajstrowi, który kierował Kancelarią Specjalną do Spraw Stanu Wojennego, niebawem rozwiązaną. Postanowienie regulowało między innymi sprawy podziału Królestwa na jednostki administracji policyjnej podległe naczelnikom wojennym. Głosiło, że wszystkie miejscowości królestwa mają być rozdzielone w guberniach między naczelników głównych wojennych oddziałów, a w powiatach między naczelników wojennych powiatowych (tylko wyjątkowo dwa powiaty mogą być powierzone jednemu wojennemu naczelnikowi powiatowemu). W racie potrzeby gubernie wolno było rozdzielać, jak przedtem na kilka głównych oddziałów wojennych oraz tworzyć „oddziały drugorzędne” z części jednego lub kilku powiatów; naczelnicy takich oddziałów hierarchicznie równi byli naczelnikom wojennym powiatowym i korzystali z takich samych co oni uprawnień. Ponadto z zezwolenia naczelnika oddziału głównego, każdy powiat mógł być dzielony przez wojennego naczelnika powiatu, również jak poprzednio na mniejsze rewiry zwane „uczastkami”, w których stacjonowały wojska. Przeciętnie w każdym powiecie utworzono od pięciu do sześciu rewirów zarządzanych przez naczelników wojennych rewirowych. Zarządy naczelników wojennych kolei: petersburskiej, wiedeńskiej i bydgoskiej nie uległy zmianie. Gubernia augustowska pozostała nadal pod zarządem dowódcy wojsk wileńskiego okręgu wojennego” Na początku 1864 r. w okresie największego nasilenia represji było: dziewięć głównych oddziałów, kilkanaście drugorzędnych, około czterdziestu powiatowych i ponad dwieście cząstkowych (rewirowych).

Zarządy wojennych naczelników głównych oddziałów były łączone ze sztabami dywizji wojsk, które stacjonowały na ich terenach. Naczelnikami tych oddziałów zostawali z reguły dowódcy dywizji. Wyjątek pod tym względem stanowił tylko Zarząd Wojennego Naczelnika Głównego Oddziału Warszawskiego, który był zorganizowany na odmiennych zasadach. Wszyscy naczelnicy wojenni i ich pomocnicy mianowani byli przez namiestnika na wniosek generał-policmajstra i naczelnika sztabu wojsk w Królestwie Polskim. Naczelnicy wojenni powiatowi podlegali naczelnikom wojennym głównych oddziałów, ale w szczególnych przypadkach mógł im wydawać polecenia bezpośrednio generał-policmajster, któremu wówczas składali raporty z wykonanych zadań. Naczelnikom głównych wojennych oddziałów podlegali pod względem policyjnym gubernatorowie cywilni i inne władze gubernialne istniejące w obrębie ich oddziałów. Analogicznie naczelnikom wojennym powiatowym podlegali bezpośrednio naczelnicy powiatowi i ich zarządy oraz inne władze zawiadujące policją w powiatach.

Naczelnicy wojenni mieli prawo usunąć, zawieszać w urzędowaniu, a nawet aresztować każdego miejscowego urzędnika, którego nie darzyli zaufaniem, z wyjątkiem gubernatorów. Naczelnicy wojenni głównych oddziałów składali periodyczne raporty ze swej ogólnej działalności generał-policmajstrowi, zaś o działaniach wojennych na terenach im podległych – głównodowodzącemu wojskami w Królestwie Polskim jako zwierzchnikowi wojskowemu. Raporty te były przez Sztab Wojsk Warszawskiego Okręgu Wojskowego, po odpowiednim przeredagowaniu, publikowane w formie biuletynów informacyjnych z pola walki, pt. „Żurnał wojennych diejstwij w Carstwie Polskom”.

Rozległą władze naczelników wojennych określały teraz: postanowienie namiestnika z 15/27 XII 1863 r. oraz instrukcja z 8/20 I 1864 r. Upoważniały one generał-policmajstra i naczelników wojennych do używania „wszelkich środków policyjnych dla przywrócenia naruszonego porządku i ogólnego bezpieczeństwa w królestwie”. W tym celu namiestnik powierzył im czasowo władzę policyjną i wyższą władzę nadzorczą w kraju.

Do obowiązków naczelników wojennych należało m. in.: 1) ogłaszanie wszelkich rozporządzeń policyjnych; 2) utrzymanie ogólnego porządku i spokoju, obrona mieszkańców lojalnych wobec Rosji; 3) wykrywanie, aresztowanie oraz ściganie ludzi naruszających porządek, ze szczególnym uwzględnieniem podżegaczy, tajnych współpracowników i sprzyjających powstaniu”; 4) śledzenie i likwidacja schadzek rewolucyjnych, składów konnych, poczt, oraz tajnych drukarni i litografii; niszczenie podburzających proklamacji, broszur, itp.; 5) przegląd i rewizja podejrzanych miejsc w miastach i powiatach, klasztorów sklepów, transportów itd.; 6) nadzór miejsc publicznych, zapobieganie i zniesienie zabronionych schadzek, manifestacji rewolucyjnych i wszelkich czynów mających na celu „wzburzenie umysłów przeciw prawu i rządowi”; 7) zabezpieczenie wszelkich środków komunikacji i łączności; 8) zapobieganie i ściganie kontrabandy politycznej; 9) wydawanie paszportów i świadectw, wykrywanie i ściganie ludzi nie mających paszportów, włóczęgów itd.; 10) ochrona własności publicznej; 11) kontrola nad wypełnianiem obowiązków przez włościan; 12) załatwianie spraw wynikających z naruszenia przepisów stanu wojennego; 13) czuwanie nad szybkim rozpatrywaniem spraw „wojenno – śledczych”; 14) nadzór nad więzieniami i aresztami; 15) nadzór nad ścisłymi przestrzeganiem rozporządzeń policyjnych i przepisów stanu wojennego.

Namiestnik polecił naczelnikom wojennym posługiwać się wszelkimi dostępnymi środkami (organizacja straży wiejskiej, ciągłe objazdy i poszukiwania wojskowe, zorganizowanie regularnych komend policyjnych i żandarmskich po miastach, miasteczkach i innych znaczniejszych punktach, kontrola lasów, służących powstańcom za schronienie, pociąganie władz miejscowych i właścicieli gruntów do ścisłej odpowiedzialności za ukrywanie ludzi złych myśli lub podejrzanych, nakładanie kontrybucji).

Ponadto namiestnik powierzył generał-policmajstrowi i naczelnikom wojennym nadzór polityczny nad wszystkimi mieszkańcami kraju oraz przyznał prawo udziału w sądach wojennych na zasadach określonych oddzielnymi instrukcjami. Naczelnicy wojenni, spełniając także rolę władz pośredniczących między wojskami a mieszkańcami, obowiązani zostali do czuwania nad wzajemnymi stosunkami między wojskiem a ludnością. Szczególną uwagę mieli zwrócić na włościan.

Naczelnicy wojenni, zajmując się teraz „wyłącznie” zarządem wojenno-policyjnym i dysponując w realizowaniu swych zadań policją, żandarmerią i wojskiem, mogli także jako dowódcy wojskowi i w razie szczególnej potrzeby osobiście uczestniczyć w działaniach wojennych, z zastrzeżeniem, by nie wynikły z tego powodu jakiekolwiek zaniedbania w sprawach policyjnych. Ich stosunek do innych dowódców, komend żandarmerii i straży granicznej określony został specjalnymi instrukcjami wydanymi przez namiestnika, głównodowodzącego wojskami w Królestwie Polskim i generał-policmajstra.

Podległe naczelnikom wojennym pod względem policyjnym miejscowe władze cywilne obowiązane były wykonywać każde ich polecenie. W ramach tej podległości burmistrze miast i wójci gmin powinni byli m.in. zawiadamiać naczelników wojennych o wszelkich ruchach i działalności powstańców oraz składać im okresowe raporty o sytuacji w terenie. Po stłumieniu powstania namiestnik wydał 5/17 II 1866 r. postanowienie łagodzące zarząd wojenno-policyjny w Królestwie. Na jego podstawie sprawy administracji cywilnej, tymczasowo powierzone Zarządowi Generał-Policmajstra, wróciły do KRSWiD wraz z całym składem personalnym II Departamentu Zarządu, z wyłączeniem Wydziału Paszportowego. Wydawanie paszportów wewnętrznych pozostawiono do późniejszego rozporządzenia naczelnikom wojennym powiatowym i gubernatorom. Oddziały wojenne główne: warszawski, kaliski, radomski, lubelski, augustowski i płocki zostały rozwiązane, a ich funkcje przekazane gubernatorom cywilnym i czasowym. Władze wojenno-policyjne w powiatach pozostały nie zmienione, z tym, że naczelnicy wojenni powiatowi cząstkowi przeszli pod zwierzchnictwo gubernatorów, którzy otrzymywali teraz rozporządzenia i od dyrektora głównego KRSW i od generał-policmajstra. Naczelnicy wojenni powiatowi i cząstkowi mieli być mianowani i zwalniani przez namiestnika na wniosek dyrektora głównego KRSWiD oraz generał-policmajstra.

Naczelnicy ci w okręgach: kaliskim, kieleckim i siedleckim mieli podlegać, powołanym tymże postanowieniem, na wymienionych terenach – gubernatorom czasowym, którym powierzony został zarząd „wojenno-policyjny” i którym podporządkowano pod względem policyjnym wszystkie urzędy władz cywilnych powiatowych. Gubernatorowie cywilni czasowi zostali mianowani „najwyższym ukazem” na wniosek namiestnika. Gubernatorowie cywilni: warszawski, radomski i lubelski mieli sprawować nadal ogólny zarząd w ich guberniach za pośrednictwem rządów gubernialnych oraz „osobiście zawiadywać czynnościami zarządu wojenno – policyjnego” w tych tylko powiatach wymienionych guberni, które nie zostały oddane pod władze gubernatorów czasowych. Natomiast gubernatorowie cywilni: augustowski i płocki mieli łączyć w obrębie całych guberni władze „administracyjno-gospodarczą i wojenno-policyjną” (w każdej zaś z istniejących pięciu guberni ustanowiony został tymże aktem urząd wicegubernatora). Przy gubernatorach cywilnych: warszawskim, radomskim, lubelskim i płockim oraz przy każdym z trzech (wymienionych wyżej) gubernatorów czasowych, ustanowione zostały do spraw zarządu wojenno-policyjnego oddzielne kancelarie. Urzędy naczelników wojennych zostały ostatecznie zlikwidowane wraz z wprowadzeniem reform administracyjnych w Królestwie Polskim w 1867 r., na podstawie ustaw podpisanych przez cesarza 19/31 XII 1866 r. o nowym podziale administracyjnym, kraju, o zarządach gubernialnych i powiatowych oraz o straży ziemskiej.